L'archipel d'Amakusa s'étend au large de la côte ouest de Kumamoto, dans la mer de Yatsushiro — plus de 120 îles reliées par les Cinq Ponts d'Amakusa et quelques liaisons maritimes. Le christianisme y fut introduit par des missionnaires portugais au XVIe siècle, et les îles conservent les traces de cette histoire clandestine : églises de pierre, cimetières dissimulés dans les collines, communautés qui préservèrent leur foi pendant des siècles de persécution. Les îles principales, Shimoshima et Kamishima, concentrent l'essentiel de la population dans des villages de pêcheurs coincés entre pentes verdoyantes et littoral.
Des groupes de dauphins sauvages fréquentent les eaux autour de l'île de Tsuji toute l'année, et des excursions partent du port d'Itsuwa avec des observations quasi garanties. Le littoral alterne formations rocheuses spectaculaires à Myoken-ura et plages tranquilles. Les tables locales servent crevettes kuruma, daurade et oursin pêchés le matin même. L'hébergement va des minshuku traditionnels de villages de pêcheurs aux ryokan contemporains accrochés aux falaises, certains avec rotenburo donnant sur la mer de Chine orientale. L'isolement semble voulu — que ce soit par ferry depuis Nagasaki ou par la route depuis Kumamoto, le trajet prend du temps, filtrant les visiteurs jusqu'à ceux prêts à chercher un lieu véritablement reculé.
